Bonifacio, quarto figlio di Giovanni, è nato nella provincia Valeria della regione dei Marsi.Da monaco di San Sebastiano extra Urbem e cardinale presbitero, al tempo dell'imperatore Foca, fu assunto al pontificato e consacrato domenica 28 agosto 607. Ha governato sei anni, otto mesi e tredici giorni; in due riticelebrati nel mese di dicembre ha ordinato venticinque vescovi e otto diaconi. Trasformò la sua casa natale in monastero e donò tutti i suoi beni ai monaci. Convocò un sinodo dei vescovi italiani per riformare le regole dei monaci che si andavano rilassando.
Mellito, vescovo di Londra, venuto in Italia per consultarsi col papa sulla situazione dell'Inghilterra, radunò un sinodo, i cui decreti furono riportati in patria con lettera di accompagnamento di Bonifacio. Ottenne dall'imperatore Foca di trasformare il Panteon da tempio pagano in chiesa cristiana, dedicata alla Vergine Madre di Dio e ai santi martiri cristiani. Infine, sotto Eraclio, illustre per virtù e meriti, si addormentò nel Signore il 25 maggio 615 e fu sepolto in Vaticano.